Dans l'Horloger, tu dois aider les héros à sauver les villes d'Horlogecity et de Darkchester, lesquelles sont en proie à l'Horloger, le grand méchant du jeu qui a dérobé le temps des citadins. En compagnie de Tonton et d'autres personnages, neutralise la malédiction de l'Horloger pour libérer la ville et ses habitants.
Pour progresser dans le jeu principal, tu dois lever la malédiction qui pèse sur chaque bâtiment des deux villes. Pour y parvenir, tu dois rassembler tous les objets nécessaires en terminant des niveaux match-3. Dès que tu as rassemblé suffisamment d'objets pour un bâtiment particulier, tu peux en conjurer la malédiction et progresser au sein de l'histoire du jeu.