「クロックメーカー」では、クロックビルとダークチェスターを舞台に、登場人物たちと力を合わせ、住民たちの時間を盗む悪党「クロックメーカー」から町を救うことが目的です。おじさんを始めとするキャラクターたちと共に戦い、町と住民たちをクロックメーカーの呪いから解放しましょう。
メインストーリーを進めるためには、2つの町にある建物から一つずつ呪いを解いていく必要があります。マッチ3のステージのクリアして必要となるアイテムを集め、すべて組み合わせることで呪いは解かれます。建物で必要なアイテムをすべて集めるると、すぐに呪いは解かれ、ゲームのストーリーが振興していきます。