In Uhrmacher musst du den Helden helfen, die Städte Uhrheim und Dunkelheim vor dem Hauptbösewicht, dem Uhrmacher, zu retten, der die Zeit der Stadtbewohner gestohlen hat. Gemeinsam mit dem Onkel und anderen Spielfiguren musst du die Stadt und ihre Bewohner vor dem Fluch des Uhrmachers retten.
Um im Hauptspiel weiterzukommen, musst du den Fluch von jedem Gebäude in den beiden Städten aufheben. Du hebst den Fluch von einem Gebäude auf, wenn du alle notwendigen Gegenstände sammelst, die beim Abschließen von Match-3-Leveln gedroppt werden. Sobald du genug Gegenstände für ein bestimmtes Gebäude gesammelt hast, kannst du den Fluch von ihm nehmen und in der Handlung des Spiels weiterkommen.